L'église Saint-Léonard a été érigée au XIIe siècle par les moines de Pontlevoy sur le plateau qui domine le château de Fougères. Cette fondation est consécutive à un différent afférent à l'église Saint-Nicolas, lequel les ayant opposé aux religieux de Marmoutiers devait les lèser. Très vite, Saint-Léonard est devenu la paroisse du bourg-neuf de Fougères. Elle a été reconstruite aux XVe siècle et XVIe siècle dans un style gothique flamboyant afin de satisfaire aux exigences de l'accroissement démographique que connaissait alors la cité. Profané à la révolution, l'édifice a été profondément remanié au XIXe par les architectes Tourneux et Prioul, avec notamment la réorientation du sanctuaire, son agrandissement et l'édification d'une nouvelle façade principale.
L'église a fait l'objet d'une inscription à l'inventaire supplémentaire des monuments historiques le 15 mars 1949.