Le plus grand édifice religieux du Bourbonnais.
Il a une architecture pré-romane, romane et gothique flamboyante.
On peut y admirer ses chapiteaux romans, sa frise monumentale romane, sa statuaire gothique.
Elle abrite le tombeau des saints abbés Mayeul et Odilon, deux abbés de Cluny, qui moururent et furent inhumés à Souvigny. Leur tombeau devint un lieu de pèlerinage au moyen âge. Ils furent mis au jour lors de fouilles archéologiques en novembre 2001.
Elle possède une armoire aux reliques unique en France.
Les Bourbons, ancêtres des rois, choisirent l'église comme sépulture. On peut y voir ainsi les chapelles funéraires des ducs de Bourbon (XIVe & XVe s.).
Il y a aussi la sacristie baroque de 1772 (boiseries historiées, statuaire du XII au XVe s., Christ en ivoire du XVIIIe s.) et le cloître (fin XVe s.).
Enfin elle contient aussi un orgue historique de F.-H. Clicquot (1783).
Aujourd'hui, la communauté Saint-jean anime la vie conventuelle du monastère et le service culturel de la ville assure la visite du site.
Grange Sud: Musée lapidaire
On peut y voir le pilier roman ou colonne du Zodiaque (XIIème s.), ainsi que la frise monumentale, sont les pièces maîtresses de la collection, chefs-d'oeuvre de l'art roman clunisien. Les collections servent de fil conducteur à l'histoire du prieuré de Souvigny éléments lapidaires romans et gothiques, statuaire, trésor monétaire, fac-simile de la Bible de Souvigny (XIIe s.), gisants.